Вот мне один товарищ сделал такой вот урок !
Цитирую автора:
Вот объясняю как править автораскладку.
Тут главное понять суть перемещения полигонов в самой раскладке.
Если тебе нужно запечь отдельные элементы, то аттачишь их в один объект и применяешь модификатор UNWunwrap, делаешь все как на скринах ниже.
Напоминаю, что смысла нет запекать плоские элементы, или элементы с которых тень практически не проецируется. На ЧМЭ3 2663 я запекал только крышу, т.е. аттачил только полость самой крышы и объекты с которых проецируется и на которые проецируется тень.

После того как ты все это сделал, у тебя получается примерно такая картина:

Вот тут уже видно как программно разложились текстуры. Коряво и много пустого места, это минус авто раскладки.
Пример нормальной автораскладки с правкой руками и мозгами вот(пустот почти нет и главные элементы вынесены в одну кучу с нормальным разрешением, то что не нужно, уменьшено и тоже вынесено в отдельную кучу), но тоже не идеал:

Редактируешь таким вот образом:

Элементы редактируешь таким же методом как редактируешь саму модель во вьюпорте. Тот же поворот, движение объекта и масштаб. Изучи внимательно это окошко и все функции. Каждый полигон можно двигать, поворачивать и изменять масштаб так, как тебе нужно, главное чтобы не было захлеста.
Думаю что тут все должно быть понятно.
Меня никто не учил этому, поэтому объясняю как понимаю. Толчек к запеканию и правки авто раскладки дал Combain.
Конец цитаты!
Автор урока AlexeyK.
Так же огромная благодарность RED_SHARK.